يتألف مجلس إدارة جمعية علوم وتقنية المياه من أحد عشر عضواَ، يتم إنتخاب تسعة منهم بالإقتراع السري على أن تمثل كل دولة من دول مجلس التعاون (المملكة العربية السعودية، دولة الكويت، دولة الإمارات العربية المتحدة، مملكة البحرين، دولة قطر وسلطنة عمان) بعضو واحد على الأقل. ويكون من بينهم عضو واحد ترشحه الأمانة العامه للمجلس وعضو واحد ترشحه دولة المقر.
